在日本商标注册申请通过形式审查后，日本商标专利局会就会专门派遣一位审查官对该注册申请商标进行更深层次的审查，这个审查过程被称为实质审查，该审查会对注册申请商标是否符合注册条件进行确定。

日本特许厅的审查人员就会根据日本的商标法律对该申请的审查，审查该商标是否具有可注册性，是否具有显著性。如果日本特许厅的审查人员认为该商标不宜被接受注册，审查人员就会想申请人发出驳回通知。申请人就可以在规定的时间限制内予以答复，当然申请人也可以申请延时答复。

在实质申请过程中，若审查官无法以任何理由对该注册申请商标作出驳回判定时，其审查判定结果就会在日本商标专利局官方公告上进行公告。